את ארגון הבוגרים של המרכז הבינתחומי הקימו בוגרי המחזור הראשון של המרכז בשיתוף עם הנהלת המרכז, ואלה הן מטרותיו:

1. ליצור גוף המעניק לבוגרים שירותי תמיכה וסיוע  ומציע מגוון פעילויות כגון מפגשי networking, הרצאות והשתלמויות;
2. להקים רשת של קשרים מתמשכים בין הבוגרים כדי לסייע להם בעתיד בתחום המקצועי;
3. לחזק את הקשר של בוגרי המרכז הבינתחומי, לטפח ולעודד עזרה הדדית, מיזמים ושיתוף פעולה;
4. לשלב את הבוגרים בפרויקטים למען הקהילה;
5. לטפח את תדמיתו של המרכז הבינתחומי בקרב הציבור בארץ ובעולם.