מחלקת מנהל הוראה מנהלת מבחינה תפעולית-אדמינסטרטיבית את מערך ההוראה במרכז הבינתחומי הרצליה.

תפקידי מנהל ההוראה, בין היתר, הינם:

• תכנון מערכת השעות בבתי ספר על-פי תכניות הלימודים המתקבלות מהדיקנים ומרכזי התכניות/ההתמחויות, שיבוץ הקורסים בחדרי ההוראה ותכנון לוח הבחינות.
• עריכת ידיעוני בתי הספר וחוברת תקנונים ושירותים לסטודנט.
• הכנת המערכות הממוחשבות לרישום לקורסים באינטרנט ע"י הסטודנטים.
• מתן שירות לסגל האקדמי בכל הקשור לניהול השוטף של הקורס.
• ניהול קשר רציף עם הדיקנים בכל הקשור להוראה ולמרצים בבתי הספר.
• ניהול קשר רציף עם מינהלי הסטודנטים ומינהלי תכניות התואר השני בנוגע למערך ההוראה בקמפוס.
• ניהול מערך חדרי ההוראה בקמפוס, לרבות שיריון חדרים לכנסים ולאירועים מיוחדים.
• הזמנת עזרי הוראה כגון מקראות משפטיות, קבצי חקיקה, סרטי הדרכה וכו'.
• ניהול פרויקט המשובים.
• תיאום מועדי מכינות קבלה וקורסי מיון לנרשמים חדשים.
• דיווח חודשי למדור כספים [שכר וספקים] על שכר מרצים מן החוץ, מתרגלים פרונטלים, עוזרי הוראה  [בודקי עבודות ומבחנים]  ושעות נוספות של מרצים קבועים.
• הפקת דו"חות בנושא מערך ההוראה והסגל האקדמי באופן שוטף ולפי דרישה לגורמים שונים כגון: המועצה להשכלה גבוהה, הנהלת המרכז, דיקני בתי הספר וכו'.