מנהל רישום וקבלה מטפל במועמדים ללימודים אקדמיים לתואר ראשון ולתואר שני במרכז.
יעודה של המחלקה ביישום החזון הבינתחומי בהיבטי המחשוב, התוכנה והתקשורת
מנהל מבחינה תפעולית-אדמינסטרטיבית את מערך ההוראה במרכז הבינתחומי הרצליה
אגף קשרי חוץ אחראי על שימור הקשר עם בוגרי המרכז וידידיו הרבים
סגנית הנשיא לענייני סטודנטים אחראית על כל היחידות המספקות שירותים לסטודנטים
אגף הלוגיסטיקה מטפל בנושאי לוגיסטיקה ותחזוקת המרכז
אמונה על טיפוח תדמיתו של המרכז הבינתחומי הרצליה
פיתוח תכניות הכשרה בינתחומיות, בינלאומיות ובינאישיות הנותנות מענה לצרכי ארגונים ומנהלים בכירים