אגף קשרי חוץ אחראי על שימור הקשר עם בוגרי המרכז וידידיו הרבים
אגף הלוגיסטיקה מטפל בנושאי לוגיסטיקה ותחזוקת המרכז
סגנית הנשיא לענייני סטודנטים אחראית על כל היחידות המספקות שירותים לסטודנטים
יעודה של המחלקה ביישום החזון הבינתחומי בהיבטי המחשוב, התוכנה והתקשורת
מנהל מבחינה תפעולית-אדמינסטרטיבית את מערך ההוראה במרכז הבינתחומי הרצליה
אמונה על טיפוח תדמיתו של המרכז הבינתחומי הרצליה
מנהל רישום וקבלה מטפל במועמדים ללימודים אקדמיים לתואר ראשון ולתואר שני במרכז.
פיתוח תכניות הכשרה בינתחומיות, בינלאומיות ובינאישיות הנותנות מענה לצרכי ארגונים ומנהלים בכירים